1、注册流程不同。微信公众平台注册的小程序由于注册主体为个人用户，注册流程相对简单，只需进行个人身份信息验证即可。企业小程序注册流程相对复杂，不仅需要管理者个人身份信息，还需要提供公司各类资质、公众账号等一系列认证材料，其中每年需缴纳300元的认证费用。

2.性质不同。由于个人小程序的主体是个人，平台无法保障微信用户的支付安全，因此限制了支付功能，因此个人小程序不支持购买交易。

个人小程序一般用于个人博客和信息展示类应用，无法用于打造线上商城；企业小程序是建立在商业基础上的，可以进行交易和一些付费活动，利用小程序实现营销闭环。

3、功能能力不同。个人版小程序无法充分使用小程序的接口和能力，例如无法开通附近的小程序功能、微信支付功能不支持卡券权限、无法获取用户手机号等信息授权等。企业版微信小程序均可实现上述功能，当然部分功能需要企业版小程序经过组织认证后才能开通。此外，还可搭配更多会员功能、营销功能等。

4、服务类别不同。个人版小程序的服务类别主要针对有特定需求的目标群体提供服务。企业版小程序的服务类别受众更广泛，主要面向大众提供服务。