为了匹配64位处理器，魅族Note 2还采用了基于5.0的全新4.5系统。结合新一代64位处理器，可以最大限度释放5.0核心特性，并带来更先进的内存管理和控制机制以及电池寿命控制。 。

由于过去小圆点HOME键的存在以及后期添加了很多手势功能，导致魅族手机的操作一直比较难学；而这一次，魅族Note 2拥有“圆腰”HOME键。系统中还集成了HOME键和返回键的功能。 “点击”HOME键代表返回键。这个操作甚至还有自己的专有名称“”。另外，按下它通常起到 HOME 键的作用。

此外，魅族Note 2依然保留了从HOME键两侧向上滑动打开多任务后台、向下滑动关闭后台任务的操作。虽然这次算不上什么大创新，但相比之前在小点上左右滑动的操作，对于购买这个价位机型的用户来说，还是更容易接受。

4.5还保留了4.0/4.1中的功能，例如向右滑动自定义锁屏等。用户可以直接在设置菜单中选择自己想要实现的功能，然后在锁屏的情况下向右滑动即可直接进入，方便多了。 4.5还增加了语音唤醒。开启该功能后，对手机说“ ”即可直接唤醒手机。另一个新功能是轨迹球，可以在通知栏找到。开启后可以实现返回、下拉悬停、打开通知栏、切换应用程序等功能，单手操作非常方便。

值得一提的是，魅族这次似乎彻底放弃了Bar，设置中也没有它的踪影。