揭秘生活中的鄙视链:从雪糕选择到单细胞测序平台的等级划分

2024-12-19
来源:网络整理

生活中,“蔑视之链”似乎无处不在,悄然影响着我们。

我家里有两个孩子对绿色心情和冰棒情有独钟,这种喜好很大程度上受我的影响。

最近,女儿小学毕业了,她开始组织同学聚会,享受童年的最后时光。然而,一次聚会后,女儿向我吐露了她的困惑:她的同学认为绿心情和老冰棒太普通了,甚至有点“低级”。

这些话让她震惊,她开始怀疑自己的喜好,并告诉我她可能再也不会吃这些冰淇淋了。

01

单细胞测序平台鄙视链吗?

周末在一个行业群里潜水的时候,突然看到了一个所谓的“单细胞测序平台鄙视链”。如果我们真的要把它们分为三、六、九,这真的正确吗?

这显然是错误的。

作为领导者,当然大家都同意10x毕竟创造了一条新赛道。

然而,他就无敌了吗?

未必。

从技术角度来看,10x采用微滴法进行单细胞分选。

出来的液滴大小是比较固定的,遇到一些长度不那么“标准”的细胞就会出现问题。这也为微孔板法提供了一些解决机会。

这方面的例子包括新的网格单元和原因查找MM平台,它们使用微孔板方法对单个细胞进行编码,并且还兼容特殊形状的细胞。

此外,各公司还拥有各种独特的技术。

例如,M20使用的随机引物扩增结合微孔板方法不仅可以产生全长转录组,还可以解决不含poly(A)尾RNA的物种的RNA捕获问题。

他们不是同一个维度竞争的,我鄙视这个白痴……

科学研究并不意味着如果你购买最好的试剂并使用最好的技术,你就可以写出很棒的文章。

首先弄清楚你想做什么,然后选择合适的工具。这就是科研理念。

拜托,不要把鄙视链这个臭问题带到单细胞圈子里来。

02

国内单细胞测序平台细分

(1)大普生物—星海

星海单细胞测序文库构建仪基于专利微流控油包水单细胞包装技术和微球编码配套技术,可快速标记大量单细胞及其转录组,高效完成单细胞包装和单细胞测序。测序文库。建造。其中,转录组测序解决方案包括系统及全套配套的转录组文库构建试剂盒(试剂、芯片、磁力架等)、生物信息分析软件。从仪器到配套试剂、耗材,实现全面国产化。

此外,星海仪器灵活的设计有利于下游实验的衔接。它还可以用于上下游蛋白质和细胞水平的其他应用,例如单克隆抗体筛选、微生物研究等,为单细胞研究提供更广泛的应用场景。

产品优势:

性能优良,可一次分离数万个细胞;

样品加载,通道1~4灵活选择;

综合分析,自主开发的消息分析软件;

流程灵活,易于对接下游实验;

适用范围广,同机多套解决方案。

(2)(百创)——

基于微流控、油包水、Cell等技术捕获单细胞。使用可溶解的凝胶珠,细胞中的 mRNA 被凝胶珠上的 Poly(dT)VN 捕获。只需110秒即可完成油包水过程,减少分离细胞的应激反应。同时,百创还拥有配套试剂盒和分析软件。用户可以根据自己的需求完成从机外数据到细胞表达矩阵的分析和构建。

优点总结:更便携、更友好的体积和重量、更短的GEM生成时间、更灵活的芯片、更大的通道直径。

平台特点:

灵活吞吐:独立2×4芯片;

捕获细胞数量:500个;

捕获效率:65%,双电池率0.7%;

高细胞直径通道:高达 60μm。

(3)晶鑫生物—Drop-seq

早在2018年,晶鑫生物就正式宣布将推出国内首个基于Drop-seq技术的单细胞平台。其原理与基于-seq技术的10x类似,即:利用微流控技术分离细胞,并与带有特定条形码的磁珠混合在一起。磁珠上的 Poly(dT) 可捕获细胞中的信使 RNA。收集磁珠进行反转录扩增,得到带有条形码的cDNA进行测序,但反转录的效率会更高。

此外,晶鑫生物的单细胞制备仪是集金属浴消化和组织温和剪切于一体的新一代细胞悬液制备设备。可用于流式细胞术/单细胞测序/原代细胞培养等实验,获得数千万至数百万个活细胞。

产品应用:

单细胞测序(-Cell)

多色流分析(Flow)

质谱流式细胞仪(质量)

原代细胞分离与培养(Cell And)

细胞疗法CAR-T

(4)华大智造—C4

作为中国制造的“国货之光”,华大智造推出的C4重新定义了单细胞测序研究,开启了千万细胞超高通量研究时代。

C4采用自主设计的捕获磁珠,单个磁珠表面平均修饰107个捕获序列,可高效捕获目标分子;还引入自主研发的多磁珠识别技术,可有效提高细胞捕获效率,获取完整的细胞信息。 。此外,C4体积小、便于携带,被称为“口袋里的单细胞实验室”。已正式宣布引入C4的公司包括但不限于:吉银嘉、佳印生物、安诺优达、格致博雅、华银康医疗、宇策生物等。

(5)新个园—®

®利用定制的微孔芯片和配套模块,可以将单细胞悬液分散到微流控芯片的微孔阵列中,自动完成细胞分离、细胞裂解、核酸捕获等后续步骤。操作人员只需在实验前期将指定剂量的试剂添加到模块对应的试剂罐中,无需人工值守。该仪器大大简化了单细胞测序文库构建的操作流程,增加了结果的稳定性和准确性。重复性,提高整体样品制备效率。此外,™组织解离仪解离成功率高达92%,常规样品解离后获得的细胞活力>90%,细胞产量>/mg。

平台特点:

捕获的细胞数量:500个/芯片;

高稳定性:自动化运行,提高稳定性;

适用性广:适用于多种细胞类型,可同时进行转录组和免疫组库研究。

(6)墨卓生物—100

墨卓生物科技的®-100利用光激发来分离分子标签。该技术可以避免微球溶解时产生聚丙烯酰胺低聚物的问题,减少对核酸捕获系统的干扰,从而提高捕获效率和反转录效率。微流控管道的设计也进一步升级,将核酸捕获时间缩短至50%,可以进一步降低mRNA降解的风险,提高实验效率。

此外,™微生物高通量单细胞基因组测序技术,引领微生物研究进入高通量单细胞时代。该研究成果已发表在世界顶级期刊《》上并引起广泛关注。它是目前唯一可以提供单细胞微生物测序的商业仪器。 。

平台特点:

高通量:单次最大捕获细胞数大于1个,细胞捕获率高于70%,多细胞率小于5%;

灵活性:可同时运行4个样品,彼此独立;

性价比高:价格便宜,应用场景广泛。

(7) 追求事业的生物——DD

®是欣银生物自主研发的具有知识产权的高通量单细胞文库构建平台。它包括两种主流的单细胞标记技术:油包水法® DD 和微孔芯片法® MM。

®DD是中国第一个商业化的油包水单细胞平台。其优点是3分钟产生15万个微滴,避免RNA降解,高效完成单细胞的分离和标记。与鑫根生物相应的试剂盒配套。可满足不同的科研需求; ®MM系统最大的优点是不需要配备大型仪器,高度便携的设计可以满足更多的实验需求。

平台特点:

通量灵活:可同时运行1~8个样品;单通道最大可捕获1.2W电池;

细胞捕获率:细胞捕获率高达60-65%;

多细胞率:<7%;

兼容性好:兼容5~40μm不同类型细胞。

(8)万成基因—10K

万成基因10K液滴微流控单细胞测序仪配备自主研发芯片,核心部件国产。用户可以根据样本数量选择芯片数量,兼顾高通量、高捕获率和应用灵活性。与进口设备相比更适合临床和工业使用需求。

万成基因优化了细胞核测序技术。在大幅降低样本量需求的前提下,细胞核得率是细胞消化的数倍,检测基因数量远优于目前的10x平台解决方案。另外,单细胞测序样品制备后,采用固定和冷冻保存的方法。与传统的新鲜样本或样本保存液相比,保存时间更长,有利于临床样本的回顾性单细胞分析。

平台特点:

高通量:可同时检测4个样品,每个样品可检测1个细胞,每个样品可独立运行;

捕获率高:一次可获取100个有效细胞,捕获率达50%以上;

多种应用途径:同步单细胞转录组、DNA、ATAC、甲基化、Chip-seq(官网数据)。

(9)德云康瑞—嗯—Seq

高通量单细胞测序平台(Well--Seq)包括自动化单细胞测序建库系统、芯片试剂盒、反转录和扩增试剂盒、建库试剂盒以及相关生物信息学分析工具。在双孔嵌套芯片的基础上,协调局部准静态流体动力学和尺寸排阻原理,实现细胞与编码微球的高效精准“配对”,利用准静态流体动力学特性有效清洗背景,实现高效细胞捕获。其在效率、细胞/微球配对效率、游离RNA去除等方面具有优势,实现高通量细胞捕获、高灵敏基因检测、单细胞高保真分子分析。

Well--Seq单细胞平台的诸多优势均基于单细胞捕获芯片的创新设计。该捕获芯片首次采用“双孔嵌套”设计,利用局部准静态流体力学和尺寸排除原理巧妙设计尺寸。孔嵌套形成微孔室,小孔捕获细胞,大孔捕获微球,可实现60%以上的细胞捕获效率;通过芯片液冲洗,可以去除多余的细胞、细胞碎片、细胞团、游离RNA等背景杂质。它是第一款集成“降噪”功能的单细胞处理芯片。

产品优势

(1)高通量,单芯片可捕获个细胞并进行单细胞测序分析

(2)灵敏度高,基因检测数量优异,可有效检测稀有细胞类型

(3)效率高,细胞捕获效率稳定在60%左右,提高样品细胞利用率

(4)高保真度,直接在芯片上清洗游离RNA等杂质,减少背景干扰

(5)高品质、专利技术减少微孔交叉污染,还原细胞真实的分子表达信息

(10) 悦真-M20

M20是完全自主设计的基于微流控技术的单细胞平台,突破了单细胞测序技术无法有效检测冻存或FFPE固定组织的瓶颈,实现高通量单细胞RNA全长覆盖阅读;同时,M20是国内首个细菌高通量单细胞RNA测序平台。已检测出大肠杆菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌等多种细菌。它可以在大多数样品中的单一细菌中检测到。数以千计的基因有助于研究和发现新的细菌耐药性和持久性机制。

平台特点:

独立阀门控制,单芯片4通道流体控制,上样时无需向其他空通道注油;

芯片识别,扫描芯片内部的代码进行“识别”,自动匹配运行程序;

水蒸气过滤系统,内置水蒸气过滤系统,防止液体进入气路,保证仪器稳定运行,延长设备寿命;

气压精确控制,流道气体精确控制,保证液滴快速稳定生成。

当然,还有其他品牌没有出现在“鄙视链”中,比如洛娃公司的单细胞悬液制备仪、成都道生单细胞悬液制备系统、大为®组织单细胞制备仪等。

可见业界对于这个单细胞测序市场还是持积极的态度。

03

概括

竞争是一件很正常的事情。品牌会有自己的定位,各有自己的生态;只要他们解决了客户的问题,就没有必要制造一些蔑视链。

拼多多一直被人鄙视,但现在它的市值已经超过了电商巨头阿里巴巴。我这里不是说市值,也不代表我认可拼多多的营销方式。

我只是希望大家尊重市场。中产阶级因教育、医疗、房产被迫下沉后,拼多多解决了大家对性价比的需求。

本文部分内容参考了【基于原因的缉毒】和【弗雷泽基因组医学】!

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