由于“北斗”卫星导航定位系统是双星系统，共用户接收机只能测量二维（平面、2D）定位数据。如果用户位于海平面，由于高度为零，可以直接获取三维（平面和高度，3D）定位数据；但如果用户位于陆地或空中，则需要使用地面控制中心或用户自己的数字地图数据。只有准备好高度计，才能确定用户的身高以及用户的三维坐标进一步确定。如果控制中心的数字地图数据库数据不够准确，特别是不容易从自己国家以外的国家获得精确的地理数据，那么位置数据就会出现问题。

“北斗”卫星导航定位系统用户的定位申请必须传回地面控制中心。用户的三维位置数据由中央控制系统计算后发送回用户。无线电信号从地面发出并通过卫星返回地面的上行和下行时间约为0.24至0.28秒。从用户接收机响应测距信号到收到定位结果，信号通过上下行两条链路传输，大约需要0.56秒。 ，加上中央控制系统的计算时间，整个定位时间大约需要1秒，即用户接收器可以在1秒左右完成定位。这1秒的定位时间对于飞机、导弹等高速运动的用户来说太长了，会增加定位误差。因此，如果想利用“北斗”卫星导航定位系统对缓慢移动的车辆、船舶等进行精确定位，则更适合主动用户。

由于“北斗”卫星导航定位系统的客户端在请求定位服务时必须发出响应信号，即“主动响应”，如果用户是军事单位，就会失去隐蔽性，而这种定位服务需要的信号也能被敌人定位并受到攻击。

此外，客运北斗导航卫星的战略应用客户端不仅要像卫星一样接收来自地面控制中心的查询信号，还要发出响应信号。因此，整个系统同时服务的用户数量受到用户可用通信的影响。由于频率数量、询问信号速率、用户响应速率等限制，“北斗”卫星导航定位系统用户设备容量有限，每秒只能容纳150个用户。虽然每个客户端都有唯一的识别码，但一旦被破解，整个系统很容易被敌人或利害关系方的虚假信号所饱和，使系统瘫痪或传输虚假信息迷惑友军。

由于地面控制中心在北斗卫星导航定位系统中起着关键作用，如传输卫星信息、计算用户位置等，一旦地面控制中心被破坏，整个系统将无法运行。这也是“北斗系统的致命伤”。

“北斗”卫星导航定位系统使用的卫星是地球静止卫星，这意味着地面信号功率很小。因此，用户机需要更大的天线（直径可达20厘米）来接收信号，并且由于“主动响应”的工作模式，所以用户机还包含发射器，因此在尺寸方面（一般用户机器长20厘米、宽17.5厘米、高5.2厘米），重量、功耗、甚至价格，都比GPS接收器更大、更重、更耗电、更贵，而且这么大并且 重的。用户机别说安装在导弹上，即使对于单兵来说也是一个不小的负担。