总承包工程的《招标文件》和《施工合同》规定“不设预付款，工程竣工后付首期工程款”。甲乙双方为办理施工许可证，用建设行政主管部门提供的格式文本签订了《安全文明措施费补充协议》，规定“施工合同无约定的，应预付30%的安全文明措施费”。总承包方进场后，要求预付30%的安全文明措施费。甲方拒绝支付有何依据？

《建设工程安全保护与文明施工措施费及使用管理规定》（建办[2005]89号）第七条规定：“建设单位与施工单位应当在施工合同中明确安全保护与文明施工措施工程总造价、费用预付款、支付计划、使用要求、调整方式等条款。建设单位与施工单位在施工合同中未就安全保护与文明施工措施费预付款及支付计划进行约定或者约定不明确的，合同期在一年以内的，建设单位应当预付安全保护与文明施工措施工程费用，预付金额不得低于总造价的50%；合同期在一年以上（含一年）的，安全保护与文明施工措施费预付金额不得低于总造价的30%，剩余费用按照施工进度支付。” 在总承包情况下，总承包单位依法将建筑工程分包给其他单位的，总承包单位和分包单位应当在分包合同中明确，安全保护、文明施工措施费用由总承包单位统一管理。安全保护、文明施工措施由分包单位实施的，分包单位应当提出专项安全保护措施和施工方案，经总承包单位批准后，及时支付所需费用。”

第一，当事人没有按照上述管理规定约定安全措施费的支付比例，合同约定也是有效的。因此，《招标文件》和《施工合同》中约定的“不予预付款，工程完工后支付首期工程款”是合法有效的。由于建办[2005]89号文件从法律地位上来说只是部门规范性文件，违反该文件规定的合同约定，没有理由无效。有效合同的约定，按照当事人的意愿，应当具有法律效力。实践中，很多预付款项目，并没有约定必须缴纳安全文明施工费，但合同依然有效。

《安全文明措施费补充协议》规定：“施工合同没有约定的，应当预付30%的安全文明措施费”。该协议的约定应该如何理解？第一，这是双方的真实意思表示，双方协商一致签订补充协议，变更原合同约定的付款条件，该协议具有法律效力，双方应当按照变更后的补充协议履行，承包方应当支付30%的安全文明措施费。第二，如果双方只是为了办理相关手续或者满足建设行政主管部门的要求而签订补充协议，但双方并没有表示出一致的按照合同履行的意思表示，即合同的约定只是一种串谋的虚假意思表示。 根据《民法典》第146条规定：“行为人与相对人以虚假意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假意思表示隐含的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。”如果该协议是虚假协议，则该协议无效，不发生协议的法律效力。以虚假协议隐含的行为，即合同约定不支付预付款和安全文明措施费的行为，仍然合法有效。

因此，按照第二种理解，甲方可以拒绝支付30%的安全文明施工费，但需要承担举证责任，证明签署补充协议仅仅是双方为了办理施工许可等手续而做出的虚假意思表示。